Separar la infraestructura de los ecosistemas más delicados permitió minimizar la necesidad de construir accesos vehiculares y favoreció el regreso de las especies de aves a los hábitats de manglares restaurados. La piedra caliza, la madera, el agua y las especies vegetales indígenas se preservan e integran en armonía con el entorno natural, para crear un destino turístico que celebra orgánicamente la cultura maya.

El alojamiento se complementa con soláriums o terrazas, piscinas y un muelle privado. Las zonas de esparcimiento incluyen un moderno y lujoso spa, una piscina familiar y un club de playa.

EDSA estuvo a cargo de crear el concepto general del desarrollo. Su diseño cultural y ecológicamente sensible hace de Mayakobá un enclave turístico biodiverso inigualable, que constituye una extensión de su historia y sus entornos naturales.